一六一四年の全国禁教令は、秀吉の不徹底な宣教師追放令と違って、結果的には日本キリシタン教界を絶滅に導いたのであるから、その発令の動機と意図については、これまで様ざまに論議されてきた。

　直接的な原因としてはまず、家康が信徒の狂信的な振舞いに嫌悪感を抱いたことがあげられる。一六一三年、有馬領で信者が火刑に処せられたとき、群衆が聖遺物として争って遺体を求めた一件が家康に報じられ、彼の激怒を買ったことは先に書いたが、同年には、京都で違法に銀を入手したキリシタンが処刑されたとき、刑場に多数の信者が集まって祈るという事件があり、幕閣に邪教という印象を与えた。

　崇伝が起草した禁教令の文言に「刑人有るを見れば、すなわち欣びすなわち奔り、自ら拝し自ら礼し、是を以て宗の本懐となす。邪法に非ずして何ぞや。実に神敵仏敵也」とあって、信者の熱狂的な振舞いが家康と幕府要人に与えた衝撃のほどが察せられる。

　また近く、豊臣秀頼の大坂方と開戦が予想され、大坂方にキリシタン武士が与力することを怖れた家康が、禁教令を発動して事前に手を打ったのだという・・・